Емілі Ештон вивчала музику в коледжі Клер Кембриджського університету, а згодом — барокову віолончель і віолу да гамба під керівництвом Джонатана Менсона в Королівській академії музики. Відтоді вона співпрацювала з більшістю провідних британських ансамблів, що виконують музику на автентичних інструментах, зокрема з Orchestra of the Age of Enlightenment, Dunedin Consort, Academy of Ancient Music, Classical Opera, Early Opera Company, Orchestra of the Sixteen та Gabrieli.
У 2015 році Емілі приєдналася до ансамблю Fretwork, з яким виступала по всій Великій Британії, а також у турне в Іспанії, США, Канаді та Колумбії. Вона протягом кількох років була учасницею консорту віол Chelys, з яким записала альбоми з творами Сімпсона та Дауленда (разом з Еммою Кіркбі), а також виступала й записувалася з ансамблем Phantasm.
Емілі давала сольні концерти на Spitalfields Festival, Cotswolds Early Music Festival та в різних місцях на сході Англії. Вона також є екзаменаторкою ABRSM, керує консортом віол Кембриджського університету та викладає фортепіано, віолу да гамба й віолончель.
Інша пристрасть Емілі — екологічний активізм: вона є співзасновницею групи XR Baroque, що об’єднує музикантів-барокістів, залучених до захисту довкілля.